Шаблон:Clade/doc

Этот шаблон реализован на основе Lua с использованием модуля Clade.

Этот шаблон использует TemplateStyles и загружает следующие таблицы CSS-стилей:

Template:Clade/styles.css

Базовые возможности

Этот шаблон позволяет создавать деревья с метками. Наиболее часто используется для представления эволюционных деревьев и кладограмм. Может использоваться и в других случаях, например, для представления карты категорий/подкатегорий.


{{clade
|label1=База
|1=Узел
}}

Выглядит:

База

Узел


{{clade
|1={{clade
   |label1=[[Ветка1]]
   |1=Лист1
   |label2=Ветка2
   |2=[[Лист2]]
   }}
}}

Выглядит:

Ветка1

Лист1

Ветка2

Лист2


{{clade| style=font-size:75%;line-height:75%
|1={{clade
   |label1=Ветка1
   |1=Лист1
   |label2=Ветка2
   |2=Лист2
   |label3=Ветка3
   |3=Лист3
   |label4=Ветка4
   |4=Лист4
   }}
}}

Выглядит:

Ветка1

Лист1

Ветка2

Лист2

Ветка3

Лист3

Ветка4

Лист4


{{clade
|1={{clade
   |1={{clade | thickness=3
      |1=Лист1
      |2=Лист2
      }}
   |2=Лист3
   }}
}}

Выглядит:

Лист1

Лист2

Лист3

Чтобы сделать одну из линий пунктирной или точечной, добавьте параметр |stateN=dashed или dotted, где N=номер линии:


{{clade
|1={{clade
   |1={{clade
      |1=язык1|state1=dashed
      |2=язык2
      }}
   |2=язык3|state2=dotted
   }}
}}

выглядит как:

язык1

язык2

язык3

Технические детали

Шаблон имеет множество функций для настройки внешнего вида. Их оптимальное использование требует некоторого понимания того, как работает шаблон. Кладограмма строится с использованием вложенных таблиц HTML, а линии кладограммы являются границами ячеек (теги <td>). Каждый шаблон clade создает HTML-таблицу со следующими элементами:

Описание

Ячейки таблицы

Кладограмма

Код

Простая структура кладограммы с одним дочерним узлом (или листом).

Это таблица HTML с двумя строками и двумя столбцами. Ячейки правого столбца объединяются с помощью атрибута rowspan.

меткаА	листА
подписьА

меткаА

листА

подписьА

{{clade |thickness=3
|label1=меткаА
|sublabel1=подписьА
|1=листА
}}

Подстановка в листА другой кладограммы.

Вторая таблица HTML помещается в правую ячейку внешней таблицы.

меткаА

метка1	лист1
подпись1
метка2	лист2
подпись2

подписьА

меткаА

метка1

лист1

подпись1

метка2

лист2

подпись2

подписьА

{{clade |thickness=3
|label1=меткаА
|sublabel1=подписьА
|1={{clade |thickness=3
   |label1=метка1
   |sublabel1=подпись1
   |1=лист1
   |label2=метка2
   |sublabel2=подпись2
   |2=лист2
   }}
}}

Стили узлов и межузловых соединений

Внешний вид кладограммы можно настроить, изменив атрибуты границы элементов HTML-ячейки, используя параметры |state=, |color= и |Thickness=, как показано ниже:

Описание Код Результат

Стили разветвлений

Толщину, цвет и тип линий (сплошная, пунктир) можно изменить используя параметры thickness=, |color= and |state= parameters.


{{clade
   |label1=Стили разветвлений
   |sublabel1=(скобки)
   |style1x=background-color:#ffffee;
   |1={{Clade
      |label2=цвет
      |2={{Clade |color=red 
         |1=A
         |2=B                
         |3=C             
        }}
      |label1=толщина
      |1={{Clade |thickness=3
          |1=I  
          |2=J          
          |3=K             
          }}
      |label3=тип
      |3={{Clade |state=dashed
         |1=X 
         |2=Y         
         |3=Z        
 
         }}
      }}
}}

Стили разветвлений

толщина

I

J

K

цвет

A

B

C

тип

X

Y

Z

(скобки)

Стили отдельных веток

Толщину, цвет и тип линий отдельных веток можно изменить используя параметры thicknessN=, |colorN= and |stateN=, гдк N номер ветки.


{{clade
   |label1=Стили веток
   |sublabel1=(ветки)
   |style1x=background-color:#eeeeee;
   |1={{Clade
      |label2=цвет
      |2={{Clade
         |1=черный (по-умолчанию) |color1=black          
         |2=красный          |color2=red    
         |3=синий            |color3=blue   
         |4= #00ff00    |color4=#00ff00   
         }}
      |label1=толщина
      |1={{Clade
          |1=1 (по-умолчанию) |thickness1=1 
          |2=2           |thickness2=2 
          |3=3           |thickness3=3  
          }}
      |label3=тип
      |3={{Clade
         |1=сплошная (по-умолчанию) |state1=solid   
         |2=пунктирная       |state2=dotted  
         |3=штриховая        |state3=dashed 
         |4=нет              |state4=none   
         |5=двойная          |state5=double 
         }}
      }}
}}

Стили веток

толщина

1 (по-умолчанию)

2

3

цвет

черный (по-умолчанию)

красный

синий

#00ff00

тип

сплошная (по-умолчанию)

пунктирная

штриховая

нет

двойная

(ветки)

Обратная кладограмма

Кладограмму можно ткаже отрисовать справа на лево используя шаблон {{cladeR}}.

Код

Результат

{{cladeR |reverse=yes
|label1=''Panthera''
|1={{cladeR
   |1={{cladeR
      |1=snow leopard
      |2=tiger
      }}
   |2={{cladeR
      |1=jaguar
      |2={{cladeR
         |1=lion
         |2=leopard
         }}
      }}
   }}
}}

snow leopard

tiger

jaguar

lion

leopard

Panthera

Хотя это имеет ограниченную ценность, но иногда может быть полезно показать альтернативную филогению рода, например как в следующем примере:

Panthera

snow leopard

tiger

jaguar

lion

leopard

атернативная топология

Использование данных в формате Newick

Распространенным методом представления филогенетических данных является использование формата Newick. Многие опубликованные статьи предоставляют данные в формате Newick в своих дополнительных материалах, а некоторые таксономические и фитогенетические веб-сайты предоставляют возможность загрузки (например, Open Tree of Life). Строки в формате Newick можно использовать для создания кладограмм несколькими способами.

Перекодировка из формата Newick

Для создания больших кладограмм можно взять данные в формате Newick и переформатировать их в обычном текстовом редакторе.

Данные в формате Newick ((a, b), (c, d))
Заменить "(" на "{{clade|"
Заменить «)» на "}}"
Отредактировать ", " на "|" и цифры
Отредактировать названия


{{clade
 |1={{clade
    |1=a
    |2=b
    }}
 |2={{clade
    |1=c
    |2=d
    }}
}}

Использование строк формата Newick без перекодировки

Строки формата Newick можно использовать в параметрах |newickN=, где N это номер дочернего узла (со своими параметрами).

Например, следующую строку

((lion,jaguar,leopard),((siberian,bengal)tiger,snow leopard))panthera

можно передать в шаблон следующим образом:

Код Результат

{{clade
|label1=Label
|1={{clade
       |label1=big cats
       |1={{clade 
          |1=clouded leopards
          |style2=background-color:#ffdddd
          |newick2=((lion,jaguar,leopard),((siberian,bengal)tiger,snow leopard))panthera
          |2=Leaf B
          }}
       }}
}}

big cats

clouded leopards

panthera

lion

jaguar

leopard

tiger

siberian

bengal

snow leopard

При использовании параметра |newick2= значение параметра |2= будет игнорироваться.
Красным выделена область кладограммы сгенерированная из строки формата Newick.

Данные в формате Newick, предоставленные в Open Tree of Life и других источниках часто содержат лишние данные. Их можно удалить с помощью параметров|newickN-pattern= и |newickN-replace=, в которых указываются шаблон поиска (регулярное выражение Lua) и строку замены. Ниже приведен пример кода использующего данные в формате Newick для рода Prionailurus, загруженных с Open Tree of Life ((источник)):

{{clade
   |newick1=(Prionailurus_planiceps_ott86166,(((Prionailurus_bengalensis_chinensis_ott198595,Prionailurus_bengalensis_euptilurus_ott547362,Prionailurus_bengalensis_bengalensis_ott5557509,Prionailurus_bengalensis_rabori_ott7067613)Prionailurus_bengalensis_ott280108,Prionailurus_iriomotensis_ott418475),Prionailurus_viverrinus_ott862641),Prionailurus_rubiginosus_ott507541)Prionailurus_ott570215
   |newick1-pattern1=([%a_]*)_?(ott[%d]*)
   |newick1-replace1=''%1''
   |newick1-pattern2=Prionailurus_
   |newick1-replace2=P._
   |newick1-pattern3=bengalensis_
   |newick1-replace3=b._   
   }}
}}

Результат:

Prionailurus

P. planiceps

P. bengalensis

P. b. chinensis

P. b. euptilurus

P. b. bengalensis

P. b. rabori

P. iriomotensis

P. viverrinus

P. rubiginosus

Примеры в ru.wiki

Олуши

Оформление

Шаблон может быть вложенным. Линки в тексте разрешаются. Можно использовать принудительные пробелы ( ).

Кладограмму можно заключить в рамку, используя {{cladogram}}, примерно так:

Заголовок

плоды

орехи

фрукты

другие фрукты

яблоки

ранетки

апорт

белый налив

Подпись под кладограммой

{{cladogram
|title     = Заголовок
|align     = left
|cladogram = {{clade| style=font-size:75%;line-height:75%
|label1= [[плод]]ы  
|1={{clade
	|label1= [[орех]]и
	|1= 
	|label2= [[фрукт]]ы 
	|2={{clade
	   |1=другие фрукты
	   |label1= 
	   |label2= [[яблоко|яблоки]] 
	   |2={{clade
	       |1=[[ранетка|ранетки]]
 	       |2= [[апорт (сорт яблок)|апорт]]
	       |3= [[белый налив (сорт яблок)|белый налив]]
	      }}
	   }}
    }}
 }}
| caption   = Подпись под кладограммой
}}