Гистондеацетилаза 6

Гистондеацетилаза 6
Гистондеацетилаза 6
	; Представлено на основе PDB 3C5K.
Доступные структуры
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe, RCSB
Список идентификаторов PDB
Список идентификаторов PDB
	3C5K, 3GV4, 3PHD
Идентификаторы
Символ	HDAC6 ; CPBHM; HD6; PPP1R90
Внешние ID	OMIM: 300272 MGI: 1333752 HomoloGene: 31353 IUPHAR: ChEMBL: 1865 GeneCards: HDAC6 Gene
номер EC	3.5.1.98
Генная онтология
Генная онтология
Функция	• actin binding; • histone deacetylase activity; • protein binding; • beta-catenin binding; • microtubule binding; • zinc ion binding; • enzyme binding; • polyubiquitin binding; • NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K14 specific); • histone deacetylase binding; • tubulin deacetylase activity; • alpha-tubulin binding; • NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K9 specific); • NAD-dependent histone deacetylase activity (H4-K16 specific); • tau protein binding; • beta-tubulin binding; • Hsp90 protein binding; • dynein complex binding; • NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K18 specific);
Компонент клетки	• histone deacetylase complex; • nucleus; • cytoplasm; • cytosol; • microtubule; • microtubule associated complex; • cytoplasmic microtubule; • caveola; • inclusion body; • aggresome; • dynein complex; • axon; • dendrite; • cell leading edge; • perikaryon; • perinuclear region of cytoplasm;
Биологический процесс	• protein polyubiquitination; • transcription, DNA-templated; • protein deacetylation; • misfolded or incompletely synthesized protein catabolic process; • intracellular protein transport; • negative regulation of microtubule depolymerization; • response to toxic substance; • positive regulation of signal transduction; • response to organic substance; • regulation of receptor activity; • positive regulation of epithelial cell migration; • negative regulation of hydrogen peroxide metabolic process; • positive regulation of receptor biosynthetic process; • macroautophagy; • histone deacetylation; • lysosome localization; • peptidyl-lysine deacetylation; • cellular response to topologically incorrect protein; • ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway; • protein complex disassembly; • negative regulation of protein complex disassembly; • negative regulation of proteolysis; • negative regulation of transcription, DNA-templated; • negative regulation of oxidoreductase activity; • response to misfolded protein; • regulation of microtubule-based movement; • regulation of androgen receptor signaling pathway; • regulation of establishment of protein localization; • cellular response to hydrogen peroxide; • aggresome assembly; • polyubiquitinated misfolded protein transport; • Hsp90 deacetylation; • response to growth factor; • histone H3 deacetylation; • histone H4 deacetylation; • cellular response to misfolded protein; • positive regulation of chaperone-mediated protein complex assembly; • tubulin deacetylation; • positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death;
	Источники: Amigo / QuickGO
Профиль экспрессии РНК
	Больше информации
Ортологи

Гистондеацетилаза 6 (англ. Histone deacetylase 6) — фермент, кодируемый у человека геном HDAC6^[1]^[2].

Функция

Гистоны играют важнейшую роль в регуляции транскрипции, клеточного цикла и процесса развития. Ацетилирование/деацетилирование гистонов изменяет структуру хроматина и влияет на транскрипцию. Гистондеацетилаза 6 относится к классу II семейства гистондезацетилаз/acuc/APHA. Он содержит два каталитических домена, которые функционируют независимо друг от друга. Белок обладает гистондеацетилазной активностью и подавляет транскрипцию^[3].

Клиническая значимость

Мутации в этом гене были связаны с болезнью Альцгеймера^[4].

Суперэкспрессия этого белка коррелирует с онкогенезом и выживаемостью клеток, а также способствует метастазированию раковых клеток^[5].

Функции

Гистондеацетилаза 6 участвует в разборке ресничек клетки, что необходимо для начала митоза^[6]. Также способствует миграции клеток и катализирует деацетилирование α-тубулина^[7], что может способствовать метастазированию раковых опухолей^[5]. Влияет на транскрипцию и трансляцию путём регулирования белка теплового шока Hsp90 и стресс-гранул соответственно^[5].

Известен высоким сродством к убиквитинированным белкам^[8]. Гистондеацетилаза 6 играет важную роль в формировании стресс-гранул^[англ.]; при фармакологическом ингибировании или при подавлении синтеза гистондеацетилазы 6 на генетическом уровне прекращается образование стресс-гранул.

Взаимодействия

HDAC6, как было выявлено, взаимодействует с HDAC11^[9] и ZBTB16^[10] .

HDAC6 также взаимодействует с белком G3BP1^[англ.] стресс-гранул^[8].

См. также

Деацетилазы гистонов

Примечания

↑ Grozinger C.M., Hassig C.A., Schreiber S.L. Three proteins define a class of human histone deacetylases related to yeast Hda1p (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1999. — June (vol. 96, no. 9). — P. 4868—4873. — doi:10.1073/pnas.96.9.4868. — PMID 10220385.
↑ Nagase T., Ishikawa K., Suyama M., Kikuno R., Hirosawa M., Miyajima N., Tanaka A., Kotani H., Nomura N., Ohara O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro (англ.) // DNA Research^[англ.] : journal. — 1999. — May (vol. 5, no. 6). — P. 355—364. — doi:10.1093/dnares/5.6.355. — PMID 10048485.
↑ Entrez Gene: HDAC6 histone deacetylase 6 (неопр.).
↑ Cook C., Gendron T.F., Scheffel K., Carlomagno Y., Dunmore J., DeTure M., Petrucelli L. Loss of HDAC6, a novel CHIP substrate, alleviates abnormal tau accumulation (англ.) // Human Molecular Genetics^[англ.] : journal. — Oxford University Press, 2012. — 5 April. — doi:10.1093/hmg/dds125. — PMID 22492994.
↑ ^5,0 ^5,1 ^5,2 Aldana-Masangkay G.I., Sakamoto K.M. The role of HDAC6 in cancer (англ.) // BioMed Research International^[англ.] : journal. — 2011. — Vol. 2011. — P. 875824. — doi:10.1155/2011/875824. — PMID 21076528.
↑ Gradilone S. A., Radtke B. N., Bogert P. S., Huang B. Q., Gajdos G. B., LaRusso N. F. HDAC6 inhibition restores ciliary expression and decreases tumor growth. (англ.) // Cancer research. — 2013. — Vol. 73, no. 7. — P. 2259—2270. — doi:10.1158/0008-5472.CAN-12-2938. — PMID 23370327. [исправить]
↑ Gao Y.S., Hubbert C.C., Lu J., Lee Y.S., Lee J.Y., Yao T.P. Histone deacetylase 6 regulates growth factor-induced actin remodeling and endocytosis (англ.) // Molecular and Cellular Biology^[англ.] : journal. — 2007. — Vol. 27, no. 24. — P. 8637—8647. — doi:10.1128/MCB.00393-07. — PMID 17938201.
↑ ^8,0 ^8,1 Kwon S., Zhang Y., Matthias P. The deacetylase HDAC6 is a novel critical component of stress granules involved in the stress response (англ.) // Genes & Development : journal. — 2007. — December (vol. 21, no. 24). — P. 3381—3394. — doi:10.1101/gad.461107. — PMID 18079183.
↑ Gao L., Cueto M.A., Asselbergs F., Atadja P. Cloning and functional characterization of HDAC11, a novel member of the human histone deacetylase family (англ.) // Journal of Biological Chemistry : journal. — 2002. — July (vol. 277, no. 28). — P. 25748—25755. — doi:10.1074/jbc.M111871200. — PMID 11948178.
↑ Chauchereau A., Mathieu M., de Saintignon J., Ferreira R., Pritchard L.L., Mishal Z., Dejean A., Harel-Bellan A. HDAC4 mediates transcriptional repression by the acute promyelocytic leukaemia-associated protein PLZF (англ.) // Oncogene^[англ.] : journal. — 2004. — November (vol. 23, no. 54). — P. 8777—8784. — doi:10.1038/sj.onc.1208128. — PMID 15467736.

Литература

Pazin M.J., Kadonaga J.T. What's up and down with histone deacetylation and transcription? (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 1997. — Vol. 89, no. 3. — P. 325—328. — doi:10.1016/S0092-8674(00)80211-1. — PMID 9150131.
Wolffe A.P. Transcriptional control. Sinful repression (англ.) // Nature. — 1997. — Vol. 387, no. 6628. — P. 16—7. — doi:10.1038/387016a0. — PMID 9139815.
Huynh K.D., Fischle W., Verdin E., Bardwell V.J. BCoR, a novel corepressor involved in BCL-6 repression (англ.) // Genes & Development : journal. — 2000. — Vol. 14, no. 14. — P. 1810—1823. — doi:10.1101/gad.14.14.1810. — PMID 10898795.
Mahlknecht U., Schnittger S., Landgraf F., Schoch C., Ottmann O.G., Hiddemann W., Hoelzer D. Assignment of the human histone deacetylase 6 gene (HDAC6) to X chromosome p11.23 by in situ hybridization (англ.) // Cytogenetics and Genome Research^[англ.] : journal. — 2001. — Vol. 93, no. 1—2. — P. 135—136. — doi:10.1159/000056967. — PMID 11474198.
Kao H.Y., Lee C.H., Komarov A., Han C.C., Evans R.M. Isolation and characterization of mammalian HDAC10, a novel histone deacetylase (англ.) // Journal of Biological Chemistry : journal. — 2002. — Vol. 277, no. 1. — P. 187—193. — doi:10.1074/jbc.M108931200. — PMID 11677242.
Seigneurin-Berny D., Verdel A., Curtet S., Lemercier C., Garin J., Rousseaux S., Khochbin S. Identification of Components of the Murine Histone Deacetylase 6 Complex: Link between Acetylation and Ubiquitination Signaling Pathways (англ.) // Molecular and Cellular Biology^[англ.] : journal. — 2001. — Vol. 21, no. 23. — P. 8035—8044. — doi:10.1128/MCB.21.23.8035-8044.2001. — PMID 11689694.
Tong J.J., Liu J., Bertos N.R., Yang X.J. Identification of HDAC10, a novel class II human histone deacetylase containing a leucine-rich domain (англ.) // Nucleic Acids Research^[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 30, no. 5. — P. 1114—1123. — doi:10.1093/nar/30.5.1114. — PMID 11861901.
Gao L., Cueto M.A., Asselbergs F., Atadja P. Cloning and functional characterization of HDAC11, a novel member of the human histone deacetylase family (англ.) // Journal of Biological Chemistry : journal. — 2002. — Vol. 277, no. 28. — P. 25748—25755. — doi:10.1074/jbc.M111871200. — PMID 11948178.
Hubbert C., Guardiola A., Shao R., Kawaguchi Y., Ito A., Nixon A., Yoshida M., Wang X.F., Yao T.P. HDAC6 is a microtubule-associated deacetylase (англ.) // Nature. — 2002. — Vol. 417, no. 6887. — P. 455—458. — doi:10.1038/417455a. — PMID 12024216.
Kirsh O., Seeler J.S., Pichler A., Gast A., Müller S., Miska E., Mathieu M., Harel-Bellan A., Kouzarides T., Melchior F., Dejean A. The SUMO E3 ligase RanBP2 promotes modification of the HDAC4 deacetylase (англ.) // The EMBO Journal^[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 21, no. 11. — P. 2682—2691. — doi:10.1093/emboj/21.11.2682. — PMID 12032081.
Hook S.S., Orian A., Cowley S.M., Eisenman R.N. Histone deacetylase 6 binds polyubiquitin through its zinc finger (PAZ domain) and copurifies with deubiquitinating enzymes (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2002. — Vol. 99, no. 21. — P. 13425—13430. — doi:10.1073/pnas.172511699. — PMID 12354939.
Westendorf J.J., Zaidi S.K., Cascino J.E., Kahler R., van Wijnen A.J., Lian J.B., Yoshida M., Stein G.S., Li X. Runx2 (Cbfa1, AML-3) Interacts with Histone Deacetylase 6 and Represses the p21CIP1/WAF1 Promoter (англ.) // Molecular and Cellular Biology^[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 22, no. 22. — P. 7982—7992. — doi:10.1128/MCB.22.22.7982-7992.2002. — PMID 12391164.
North B.J., Marshall B.L., Borra M.T., Denu J.M., Verdin E. The human Sir2 ortholog, SIRT2, is an NAD+-dependent tubulin deacetylase (англ.) // Molecular Cell^[англ.] : journal. — 2003. — Vol. 11, no. 2. — P. 437—444. — doi:10.1016/S1097-2765(03)00038-8. — PMID 12620231.
Voelter-Mahlknecht S., Mahlknecht U. Cloning and structural characterization of the human histone deacetylase 6 gene (англ.) // International Journal of Molecular Medicine^[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 12, no. 1. — P. 87—93. — doi:10.3892/ijmm.12.1.87. — PMID 12792815.
Brush M.H., Guardiola A., Connor J.H., Yao T.P., Shenolikar S. Deactylase inhibitors disrupt cellular complexes containing protein phosphatases and deacetylases (англ.) // Journal of Biological Chemistry : journal. — 2004. — Vol. 279, no. 9. — P. 7685—7691. — doi:10.1074/jbc.M310997200. — PMID 14670976.
Pandey U.B., Batlevi Y., Baehrecke E.H., Taylor J.P. HDAC6 at the intersection of autophagy, the ubiquitin-proteasome system and neurodegeneration (англ.) // Autophagy : journal. — Vol. 3, no. 6. — P. 643—645. — doi:10.4161/auto.5050. — PMID 17912024. (Epub 2007 Sep 10)
Pandey U.B., Nie Z., Batlevi Y., McCray B.A., Ritson G.P., Nedelsky N.B., Schwartz S.L., DiProspero N.A., Knight M.A., Schuldiner O., Padmanabhan R., Hild M., Berry D.L., Garza D., Hubbert C.C., Yao T.P., Baehrecke E.H., Taylor J.P. HDAC6 rescues neurodegeneration and provides an essential link between autophagy and the UPS (англ.) // Nature : journal. — 2007. — 14 June (vol. 447, no. 7146). — P. 859—863. — doi:10.1038/nature05853. — PMID 17568747.

[pmid10220385-1] Grozinger C.M., Hassig C.A., Schreiber S.L. Three proteins define a class of human histone deacetylases related to yeast Hda1p (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1999. — June (vol. 96, no. 9). — P. 4868—4873. — doi:10.1073/pnas.96.9.4868. — PMID 10220385.

[pmid10048485-2] Nagase T., Ishikawa K., Suyama M., Kikuno R., Hirosawa M., Miyajima N., Tanaka A., Kotani H., Nomura N., Ohara O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro (англ.) // DNA Research^[англ.] : journal. — 1999. — May (vol. 5, no. 6). — P. 355—364. — doi:10.1093/dnares/5.6.355. — PMID 10048485.

[entrez-3] Entrez Gene: HDAC6 histone deacetylase 6 (неопр.).

[doi-4] Cook C., Gendron T.F., Scheffel K., Carlomagno Y., Dunmore J., DeTure M., Petrucelli L. Loss of HDAC6, a novel CHIP substrate, alleviates abnormal tau accumulation (англ.) // Human Molecular Genetics^[англ.] : journal. — Oxford University Press, 2012. — 5 April. — doi:10.1093/hmg/dds125. — PMID 22492994.

[cancer-5] 5,0 ^5,1 ^5,2 Aldana-Masangkay G.I., Sakamoto K.M. The role of HDAC6 in cancer (англ.) // BioMed Research International^[англ.] : journal. — 2011. — Vol. 2011. — P. 875824. — doi:10.1155/2011/875824. — PMID 21076528.

[Gradilone2013-6] Gradilone S. A., Radtke B. N., Bogert P. S., Huang B. Q., Gajdos G. B., LaRusso N. F. HDAC6 inhibition restores ciliary expression and decreases tumor growth. (англ.) // Cancer research. — 2013. — Vol. 73, no. 7. — P. 2259—2270. — doi:10.1158/0008-5472.CAN-12-2938. — PMID 23370327. [исправить]

[pmid17938201-7] Gao Y.S., Hubbert C.C., Lu J., Lee Y.S., Lee J.Y., Yao T.P. Histone deacetylase 6 regulates growth factor-induced actin remodeling and endocytosis (англ.) // Molecular and Cellular Biology^[англ.] : journal. — 2007. — Vol. 27, no. 24. — P. 8637—8647. — doi:10.1128/MCB.00393-07. — PMID 17938201.

[sg-8] 8,0 ^8,1 Kwon S., Zhang Y., Matthias P. The deacetylase HDAC6 is a novel critical component of stress granules involved in the stress response (англ.) // Genes & Development : journal. — 2007. — December (vol. 21, no. 24). — P. 3381—3394. — doi:10.1101/gad.461107. — PMID 18079183.

[pmid11948178-9] Gao L., Cueto M.A., Asselbergs F., Atadja P. Cloning and functional characterization of HDAC11, a novel member of the human histone deacetylase family (англ.) // Journal of Biological Chemistry : journal. — 2002. — July (vol. 277, no. 28). — P. 25748—25755. — doi:10.1074/jbc.M111871200. — PMID 11948178.

[pmid15467736-10] Chauchereau A., Mathieu M., de Saintignon J., Ferreira R., Pritchard L.L., Mishal Z., Dejean A., Harel-Bellan A. HDAC4 mediates transcriptional repression by the acute promyelocytic leukaemia-associated protein PLZF (англ.) // Oncogene^[англ.] : journal. — 2004. — November (vol. 23, no. 54). — P. 8777—8784. — doi:10.1038/sj.onc.1208128. — PMID 15467736.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]